《校量數珠功德經》記載：“若用菩提子為數珠者，或用掏念，或但手持數誦一遍，其福無量。” 正因為菩提子意義深遠，很多的佛珠都是以菩提命名。佛門修行人，一般必備至少一串菩提材質的佛珠或念珠或手珠。鳳眼菩提佛珠是藏傳佛教極為推崇的佛珠品類之一，在藏傳佛教中，菩提子佛珠即指鳳眼菩提佛珠。

用鳳眼菩提子修持功德最大，其原因為何？對此，智敏·慧華上師開示說：若了義地解（諾那）祖師之開示，乃指安住菩提心體，若持咒、甚或不持咒，皆具最大功德。

藏密祖師諾那活佛曾開示說：“最好有一串鳳眼菩提子念珠，修一切法均可通用，功德最大”。格魯派祈竹仁波切也開示說：“佛陀是在菩提樹下成道的，菩提珠本身的堅硬特質又有吉祥的表義，所以菩提珠適合作任何法門的修持”。金安一居士所著《密宗輯要》一文也說：“修一切法均可用鳳眼菩提子珠。”

據《守護經》及《瑜伽念珠經》說：“佛部用菩提子珠，金剛部用金剛子珠，寶部用金等諸寶珠，蓮花部用蓮花子珠，羯磨部用種種和合珠。”又近人金安一居士所著《密宗輯要》一文說：“修增法用琥珀珠，修息法用水晶珠，修懷法及長壽法用珊瑚珠，修誅法用人頭骨珠，修觀音法用菩提子珠，修一切法均可用鳳眼菩提子珠。